TY - JOUR AU - Mitchell, T. G. AU - Perfect, J. R. PY - 1995 DA - 1995// TI - Cryptococcosis in the era of AIDS–100 years after the discovery of Cryptococcus neoformans JO - Clin Microbiol Rev VL - 8 ID - Mitchell1995 ER - TY - JOUR AU - Park, B. J. AU - Wannemuehler, K. A. AU - Marston, B. J. AU - Govender, N. AU - Pappas, P. G. AU - Chiller, T. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Estimation of the current global burden of cryptococcal meningitis among persons living with HIV/AIDS JO - AIDS VL - 23 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e328322ffac DO - 10.1097/QAD.0b013e328322ffac ID - Park2009 ER - TY - JOUR AU - Franzot, S. P. AU - Salkin, I. F. AU - Casadevall, A. PY - 1999 DA - 1999// TI - Cryptococcus neoformans var. grubii: separate varietal status for Cryptococcus neoformans serotype A isolates JO - J Clin Microbiol VL - 37 ID - Franzot1999 ER - TY - JOUR AU - Lin, X. AU - Heitman, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - The biology of the Cryptococcus neoformans species complex JO - Annu Rev Microbiol VL - 60 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.micro.60.080805.142102 DO - 10.1146/annurev.micro.60.080805.142102 ID - Lin2006 ER - TY - JOUR AU - Loftus, B. J. AU - Fung, E. AU - Roncaglia, P. AU - Rowley, D. AU - Amedeo, P. AU - Bruno, D. AU - Vamathevan, J. AU - Miranda, M. AU - Anderson, I. J. AU - Fraser, J. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - The genome of the basidiomycetous yeast and human pathogen Cryptococcus neoformans JO - Science VL - 307 UR - https://doi.org/10.1126/science.1103773 DO - 10.1126/science.1103773 ID - Loftus2005 ER - TY - STD TI - Broad Institute of Harvard and MIT: Cryptococcus neoformans var. grubii H99 Sequencing Project.http://www.broadinstitute.org/, UR - http://www.broadinstitute.org/ ID - ref6 ER - TY - JOUR AU - D’Souza, C. A. AU - Kronstad, J. W. AU - Taylor, G. AU - Warren, R. AU - Yuen, M. AU - Hu, G. AU - Jung, W. H. AU - Sham, A. AU - Kidd, S. E. AU - Tangen, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genome variation in Cryptococcus gattii, an emerging pathogen of immunocompetent hosts JO - MBio VL - 2 ID - D’Souza2011 ER - TY - JOUR AU - Steenbergen, J. N. AU - Casadevall, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Prevalence of Cryptococcus neoformans var. neoformans (Serotype D) and Cryptococcus neoformans var. grubii (Serotype A) isolates in New York City JO - J Clin Microbiol VL - 38 ID - Steenbergen2000 ER - TY - JOUR AU - Banerjee, U. AU - Datta, K. AU - Casadevall, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Serotype distribution of Cryptococcus neoformans in patients in a tertiary care center in India JO - Med Mycol VL - 42 UR - https://doi.org/10.1080/13693780310001615376 DO - 10.1080/13693780310001615376 ID - Banerjee2004 ER - TY - JOUR AU - Kupfer, D. M. AU - Drabenstot, S. D. AU - Buchanan, K. L. AU - Lai, H. AU - Zhu, H. AU - Dyer, D. W. AU - Roe, B. A. AU - Murphy, J. W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Introns and splicing elements of five diverse fungi JO - Eukaryot Cell VL - 3 UR - https://doi.org/10.1128/EC.3.5.1088-1100.2004 DO - 10.1128/EC.3.5.1088-1100.2004 ID - Kupfer2004 ER - TY - JOUR AU - Steen, B. R. AU - Zuyderduyn, S. AU - Toffaletti, D. L. AU - Marra, M. AU - Jones, S. J. AU - Perfect, J. R. AU - Kronstad, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cryptococcus neoformans gene expression during experimental cryptococcal meningitis JO - Eukaryot Cell VL - 2 UR - https://doi.org/10.1128/EC.2.6.1336-1349.2003 DO - 10.1128/EC.2.6.1336-1349.2003 ID - Steen2003 ER - TY - STD TI - Cryptococcus neoformans cDNA sequencing. [http://www.genome.ou.edu/cneo.html], [] UR - http://www.genome.ou.edu/cneo.html ID - ref12 ER - TY - JOUR AU - Castellana, N. AU - Bafna, V. PY - 2010 DA - 2010// TI - Proteogenomics to discover the full coding content of genomes: a computational perspective JO - J Proteomics VL - 73 UR - https://doi.org/10.1016/j.jprot.2010.06.007 DO - 10.1016/j.jprot.2010.06.007 ID - Castellana2010 ER - TY - JOUR AU - Pandey, A. AU - Lewitter, F. PY - 1999 DA - 1999// TI - Nucleotide sequence databases: a gold mine for biologists JO - Trends Biochem Sci VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/S0968-0004(99)01400-0 DO - 10.1016/S0968-0004(99)01400-0 ID - Pandey1999 ER - TY - JOUR AU - Renuse, S. AU - Chaerkady, R. AU - Pandey, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Proteogenomics JO - Proteomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1002/pmic.201000615 DO - 10.1002/pmic.201000615 ID - Renuse2011 ER - TY - JOUR AU - Khatun, J. AU - Yu, Y. AU - Wrobel, J. A. AU - Risk, B. A. AU - Gunawardena, H. P. AU - Secrest, A. AU - Spitzer, W. J. AU - Xie, L. AU - Wang, L. AU - Chen, X. AU - Giddings, M. C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Whole human genome proteogenomic mapping for ENCODE cell line data: identifying protein-coding regions JO - BMC Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-141 DO - 10.1186/1471-2164-14-141 ID - Khatun2013 ER - TY - JOUR AU - Sevinsky, J. R. AU - Cargile, B. J. AU - Bunger, M. K. AU - Meng, F. AU - Yates, N. A. AU - Hendrickson, R. C. AU - Stephenson, J. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Whole genome searching with shotgun proteomic data: applications for genome annotation JO - J Proteome Res VL - 7 UR - https://doi.org/10.1021/pr070198n DO - 10.1021/pr070198n ID - Sevinsky2008 ER - TY - JOUR AU - Brunner, E. AU - Ahrens, C. H. AU - Mohanty, S. AU - Baetschmann, H. AU - Loevenich, S. AU - Potthast, F. AU - Deutsch, E. W. AU - Panse, C. AU - de Lichtenberg, U. AU - Rinner, O. PY - 2007 DA - 2007// TI - A high-quality catalog of the Drosophila melanogaster proteome JO - Nat Biotechnol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1300 DO - 10.1038/nbt1300 ID - Brunner2007 ER - TY - JOUR AU - Merrihew, G. E. AU - Davis, C. AU - Ewing, B. AU - Williams, G. AU - Kall, L. AU - Frewen, B. E. AU - Noble, W. S. AU - Green, P. AU - Thomas, J. H. AU - MacCoss, M. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Use of shotgun proteomics for the identification, confirmation, and correction of C. elegans gene annotations JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.077644.108 DO - 10.1101/gr.077644.108 ID - Merrihew2008 ER - TY - JOUR AU - Schrimpf, S. P. AU - Weiss, M. AU - Reiter, L. AU - Ahrens, C. H. AU - Jovanovic, M. AU - Malmstrom, J. AU - Brunner, E. AU - Mohanty, S. AU - Lercher, M. J. AU - Hunziker, P. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comparative functional analysis of the Caenorhabditis elegans and Drosophila melanogaster proteomes JO - PLoS Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000048 DO - 10.1371/journal.pbio.1000048 ID - Schrimpf2009 ER - TY - JOUR AU - Washburn, M. P. AU - Wolters, D. AU - Yates, J. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Large-scale analysis of the yeast proteome by multidimensional protein identification technology JO - Nat Biotechnol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/85686 DO - 10.1038/85686 ID - Washburn2001 ER - TY - JOUR AU - Oshiro, G. AU - Wodicka, L. M. AU - Washburn, M. P. AU - Yates, J. R. AU - Lockhart, D. J. AU - Winzeler, E. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Parallel identification of new genes in Saccharomyces cerevisiae JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.226802 DO - 10.1101/gr.226802 ID - Oshiro2002 ER - TY - JOUR AU - Wright, J. C. AU - Sugden, D. AU - Francis-McIntyre, S. AU - Riba-Garcia, I. AU - Gaskell, S. J. AU - Grigoriev, I. V. AU - Baker, S. E. AU - Beynon, R. J. AU - Hubbard, S. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Exploiting proteomic data for genome annotation and gene model validation in Aspergillus niger JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-61 DO - 10.1186/1471-2164-10-61 ID - Wright2009 ER - TY - JOUR AU - Kelkar, D. S. AU - Kumar, D. AU - Kumar, P. AU - Balakrishnan, L. AU - Muthusamy, B. AU - Yadav, A. K. AU - Shrivastava, P. AU - Marimuthu, A. AU - Anand, S. AU - Sundaram, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Proteogenomic analysis of Mycobacterium tuberculosis by high resolution mass spectrometry JO - Mol Cell Proteomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1074/mcp.M111.011627 DO - 10.1074/mcp.M111.011627 ID - Kelkar2011 ER - TY - JOUR AU - de Souza, G. A. AU - Malen, H. AU - Softeland, T. AU - Saelensminde, G. AU - Prasad, S. AU - Jonassen, I. AU - Wiker, H. G. PY - 2008 DA - 2008// TI - High accuracy mass spectrometry analysis as a tool to verify and improve gene annotation using Mycobacterium tuberculosis as an example JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-316 DO - 10.1186/1471-2164-9-316 ID - de Souza2008 ER - TY - JOUR AU - Prasad, T. S. AU - Harsha, H. C. AU - Keerthikumar, S. AU - Sekhar, N. R. AU - Selvan, L. D. AU - Kumar, P. AU - Pinto, S. M. AU - Muthusamy, B. AU - Subbannayya, Y. AU - Renuse, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Proteogenomic analysis of Candida glabrata using high resolution mass spectrometry JO - J Proteome Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1021/pr200827k DO - 10.1021/pr200827k ID - Prasad2012 ER - TY - JOUR AU - Maillet, I. AU - Berndt, P. AU - Malo, C. AU - Rodriguez, S. AU - Brunisholz, R. A. AU - Pragai, Z. AU - Arnold, S. AU - Langen, H. AU - Wyss, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - From the genome sequence to the proteome and back: evaluation of E. coli genome annotation with a 2-D gel-based proteomics approach JO - Proteomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1002/pmic.200600599 DO - 10.1002/pmic.200600599 ID - Maillet2007 ER - TY - JOUR AU - Rodrigues, M. L. AU - Nakayasu, E. S. AU - Oliveira, D. L. AU - Nimrichter, L. AU - Nosanchuk, J. D. AU - Almeida, I. C. AU - Casadevall, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Extracellular vesicles produced by Cryptococcus neoformans contain protein components associated with virulence JO - Eukaryot Cell VL - 7 UR - https://doi.org/10.1128/EC.00370-07 DO - 10.1128/EC.00370-07 ID - Rodrigues2008 ER - TY - JOUR AU - Missall, T. A. AU - Pusateri, M. E. AU - Donlin, M. J. AU - Chambers, K. T. AU - Corbett, J. A. AU - Lodge, J. K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Posttranslational, translational, and transcriptional responses to nitric oxide stress in Cryptococcus neoformans: implications for virulence JO - Eukaryot Cell VL - 5 UR - https://doi.org/10.1128/EC.5.3.518-529.2006 DO - 10.1128/EC.5.3.518-529.2006 ID - Missall2006 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Su, Z. AU - Ma, Z. Q. AU - Slebos, R. J. AU - Halvey, P. AU - Tabb, D. L. AU - Liebler, D. C. AU - Pao, W. AU - Zhang, B. PY - 2011 DA - 2011// TI - A bioinformatics workflow for variant peptide detection in shotgun proteomics JO - Mol Cell Proteomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1074/mcp.M110.006536 DO - 10.1074/mcp.M110.006536 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Ansong, C. AU - Purvine, S. O. AU - Adkins, J. N. AU - Lipton, M. S. AU - Smith, R. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Proteogenomics: needs and roles to be filled by proteomics in genome annotation JO - Brief Funct Genomic Proteomic VL - 7 UR - https://doi.org/10.1093/bfgp/eln010 DO - 10.1093/bfgp/eln010 ID - Ansong2008 ER - TY - JOUR AU - Peri, S. AU - Pandey, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - A reassessment of the translation initiation codon in vertebrates JO - Trends Genet VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(01)02493-3 DO - 10.1016/S0168-9525(01)02493-3 ID - Peri2001 ER - TY - JOUR AU - Bonissone, S. AU - Gupta, N. AU - Romine, M. AU - Bradshaw, R. A. AU - Pevzner, P. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - N-terminal protein processing: a comparative proteogenomic analysis JO - Mol Cell Proteomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1074/mcp.M112.019075 DO - 10.1074/mcp.M112.019075 ID - Bonissone2012 ER - TY - JOUR AU - Rison, S. C. AU - Mattow, J. AU - Jungblut, P. R. AU - Stoker, N. G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Experimental determination of translational starts using peptide mass mapping and tandem mass spectrometry within the proteome of Mycobacterium tuberculosis JO - Microbiology VL - 153 UR - https://doi.org/10.1099/mic.0.2006/001537-0 DO - 10.1099/mic.0.2006/001537-0 ID - Rison2007 ER - TY - JOUR AU - Goetze, S. AU - Qeli, E. AU - Mosimann, C. AU - Staes, A. AU - Gerrits, B. AU - Roschitzki, B. AU - Mohanty, S. AU - Niederer, E. M. AU - Laczko, E. AU - Timmerman, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Identification and functional characterization of N-terminally acetylated proteins in Drosophila melanogaster JO - PLoS Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000236 DO - 10.1371/journal.pbio.1000236 ID - Goetze2009 ER - TY - JOUR AU - Helbig, A. O. AU - Gauci, S. AU - Raijmakers, R. AU - van Breukelen, B. AU - Slijper, M. AU - Mohammed, S. AU - Heck, A. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Profiling of N-acetylated protein termini provides in-depth insights into the N-terminal nature of the proteome JO - Mol Cell Proteomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1074/mcp.M900463-MCP200 DO - 10.1074/mcp.M900463-MCP200 ID - Helbig2010 ER - TY - JOUR AU - Saag, M. S. AU - Graybill, R. J. AU - Larsen, R. A. AU - Pappas, P. G. AU - Perfect, J. R. AU - Powderly, W. G. AU - Sobel, J. D. AU - Dismukes, W. E. PY - 2000 DA - 2000// TI - Practice guidelines for the management of cryptococcal disease. Infectious Diseases Society of America JO - Clin Infect Dis VL - 30 UR - https://doi.org/10.1086/313757 DO - 10.1086/313757 ID - Saag2000 ER - TY - JOUR AU - Stajich, J. E. AU - Dietrich, F. S. AU - Roy, S. W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparative genomic analysis of fungal genomes reveals intron-rich ancestors JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-10-r223 DO - 10.1186/gb-2007-8-10-r223 ID - Stajich2007 ER - TY - JOUR AU - Lowry, O. H. AU - Rosebrough, N. J. AU - Farr, A. L. AU - Randall, R. J. PY - 1951 DA - 1951// TI - Protein measurement with the Folin phenol reagent JO - J Biol Chem VL - 193 ID - Lowry1951 ER - TY - JOUR AU - Crestani, J. AU - Carvalho, P. C. AU - Han, X. AU - Seixas, A. AU - Broetto, L. AU - de Saldanha da Gama Fischer, J. AU - Staats, C. C. AU - Schrank, A. AU - Yates, J. R. AU - Vainstein, M. H. PY - 2012 DA - 2012// TI - Proteomic profiling of the influence of iron availability on Cryptococcus gattii JO - J Proteome Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1021/pr2005296 DO - 10.1021/pr2005296 ID - Crestani2012 ER - TY - JOUR AU - Harsha, H. C. AU - Molina, H. AU - Pandey, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Quantitative proteomics using stable isotope labeling with amino acids in cell culture JO - Nat Protoc VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2008.2 DO - 10.1038/nprot.2008.2 ID - Harsha2008 ER - TY - JOUR AU - Chaerkady, R. AU - Harsha, H. C. AU - Nalli, A. AU - Gucek, M. AU - Vivekanandan, P. AU - Akhtar, J. AU - Cole, R. N. AU - Simmers, J. AU - Schulick, R. D. AU - Singh, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - A quantitative proteomic approach for identification of potential biomarkers in hepatocellular carcinoma JO - J Proteome Res VL - 7 UR - https://doi.org/10.1021/pr800197z DO - 10.1021/pr800197z ID - Chaerkady2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Yang, F. AU - Gritsenko, M. A. AU - Clauss, T. AU - Liu, T. AU - Shen, Y. AU - Monroe, M. E. AU - Lopez-Ferrer, D. AU - Reno, T. AU - Moore, R. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Reversed-phase chromatography with multiple fraction concatenation strategy for proteome profiling of human MCF10A cells JO - Proteomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1002/pmic.201000722 DO - 10.1002/pmic.201000722 ID - Wang2011 ER - TY - JOUR AU - Olsen, J. V. AU - de Godoy, L. M. AU - Li, G. AU - Macek, B. AU - Mortensen, P. AU - Pesch, R. AU - Makarov, A. AU - Lange, O. AU - Horning, S. AU - Mann, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Parts per million mass accuracy on an Orbitrap mass spectrometer via lock mass injection into a C-trap JO - Mol Cell Proteomics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1074/mcp.T500030-MCP200 DO - 10.1074/mcp.T500030-MCP200 ID - Olsen2005 ER - TY - JOUR AU - Paoletti, A. C. AU - Parmely, T. J. AU - Tomomori-Sato, C. AU - Sato, S. AU - Zhu, D. AU - Conaway, R. C. AU - Conaway, J. W. AU - Florens, L. AU - Washburn, M. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Quantitative proteomic analysis of distinct mammalian mediator complexes using normalized spectral abundance factors JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0606379103 DO - 10.1073/pnas.0606379103 ID - Paoletti2006 ER - TY - JOUR AU - Stanke, M. AU - Morgenstern, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - AUGUSTUS: a web server for gene prediction in eukaryotes that allows user-defined constraints JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki458 DO - 10.1093/nar/gki458 ID - Stanke2005 ER - TY - JOUR AU - Blanco, E. AU - Parra, G. AU - Guigo, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Using geneid to identify genes JO - Curr Protoc Bioinformatics VL - Chapter 4 ID - Blanco2007 ER - TY - JOUR AU - Elsik, C. G. AU - Mackey, A. J. AU - Reese, J. T. AU - Milshina, N. V. AU - Roos, D. S. AU - Weinstock, G. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Creating a honey bee consensus gene set JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-1-r13 DO - 10.1186/gb-2007-8-1-r13 ID - Elsik2007 ER - TY - JOUR AU - Lukashin, A. V. AU - Borodovsky, M. PY - 1998 DA - 1998// TI - GeneMark.hmm: new solutions for gene finding JO - Nucleic Acids Res VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/nar/26.4.1107 DO - 10.1093/nar/26.4.1107 ID - Lukashin1998 ER - TY - JOUR AU - van Baren, M. J. AU - Koebbe, B. C. AU - Brent, M. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Using N-SCAN or TWINSCAN to predict gene structures in genomic DNA sequences JO - Curr Protoc Bioinformatics VL - Chapter 4 ID - van Baren2007 ER - TY - JOUR AU - Polevoda, B. AU - Brown, S. AU - Cardillo, T. S. AU - Rigby, S. AU - Sherman, F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Yeast N(alpha)-terminal acetyltransferases are associated with ribosomes JO - J Cell Biochem VL - 103 UR - https://doi.org/10.1002/jcb.21418 DO - 10.1002/jcb.21418 ID - Polevoda2008 ER - TY - JOUR AU - Rozen, S. AU - Skaletsky, H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers JO - Methods Mol Biol VL - 132 ID - Rozen2000 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. AU - Pascon, R. C. AU - Alspaugh, A. AU - Cox, G. M. AU - McCusker, J. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Molecular and genetic analysis of the Cryptococcus neoformans MET3 gene and a met3 mutant JO - Microbiology VL - 148 UR - https://doi.org/10.1099/00221287-148-8-2617 DO - 10.1099/00221287-148-8-2617 ID - Yang2002 ER -